Quần đảo gồm tổng cộng 140 đảo, 5 đảo chính trong đó là:Đảo Fukue (福江島, Fukuejima?, Phúc Giang đảo), Đảo Hisaka (久賀島, Hisakajima?, Cửu Hạ đảo), Đảo Naru (奈留島, Narushima?, Nại Lưu đảo),Đảo Wakamatsu (若松島, Wakamatsujima?, Nhược Tùng đảo), vàĐảo Nakadori (中通島, Nakadorijima?, Trung Thông đảo).[1]

Nhóm đảo này kéo dài xấp xỉ 85 km (53 mi). Phía bắc của quần đảo là đảo Tsushima trên eo biển Triều Tiên, và phía đông là Kyūshū và phần còn lại của tỉnh Nagasaki. Quần đảo cách khoảng 100 km từ cảng Nagasaki. Hải lưu Tsushima (một nhánh của hải lưu Kuroshio) vòng quanh đảo.

Phía nam là hòn đảo chính, đảo Fukue, dài xấp xỉ 25 km từ bắc đến nam và 25 km từ đông sang tây; đảo chính ở phía bắc, Nakadori, dài xấp cỉ 40 km từ bắc đến nam và 20 km từ đông sang tây ở điểm lớn nhất. Tuy nhiên, hầu hết đảo Nakadori lại khá hẹp, chủ yếu chỉ rộng khoảng 6 km. Đất trồng tại đảo Fukue có độ cao; hươu nai và các loài thú săn khác có nhiều, cá hồi khá phong phú ở các dòng suối trên núi.

Do việc hợp nhất vào năm 2004, thành phố Gotō được hình thành. Thành phố quản ly các đảo Fukue, Hisaka, Naru, và bảy hòn đảo có người cư trú khác. Thị trấn Shinkamigotō, cũng được hình thành từ lần hợp nhất năm 2004, quản lý các đảo Nakadōri và Wakamatsu.